Présidé par Guy Férez, le Conseil communautaire décide des actions et des projets à engager pour le territoire dans le cadre des compétences de l’Agglomération qui rassemble 29 communes.
Le conseil communautaire est composé de 64 conseillers titulaires et 23 suppléants, comme défini par la règle du droit commun, qui attribue 31 conseillers communautaires à Auxerre, 3 conseillers pour Monéteau, 2 conseillers pour Appoigny, Chevannes et Saint-Georges-sur-Baulche et enfin 1 conseiller pour chacune des 24 autres communes.
Les conseillers expriment leurs décisions par le vote.
L’exécutif communautaire regroupe le président et les onze vice-présidents, chacun chargé d’une délégation spécifique dont il fixe les orientations stratégiques.